車間、設備的清洗目的主要在于控制微生物。車間的清洗是在作業完畢后或在一定的空隙時間進行,一般是利用噴射熱水或高壓水等連續滅菌。對于加工乳制品的設備來說,在機械或管道中會生成有機或無機鈣鹽,從而影響導熱或發生腐蝕,如有此類現象發生,最好根據機器或管道的材質進行酸洗除去這類鹽類。
在乳制品或肉類制品工廠內有采用極度滅菌生產方式的,但這往往是采用CIP方式。所謂CIP是CleaninPlace(就地清掃)的縮寫,這時,生產線上必須時刻保持無菌狀態。
如果每天作業完畢后的清洗不夠徹底,那么到第二天開始作業前的一段時間內,生產線上就會繁殖微生物,新加工品就要受到微生物的污染。為了防止此種情況的發生,必要時可以在生產線上直接與清洗劑,水蒸氣和高溫水等的供給設備連接,只要扭動閥門就能自動注入生產線內,可收到迅速簡單清洗,滅菌的效果。